В недавнем исследовании, опубликованном на сервере препринтов medRxiv *, исследователи изучили случаи повторного заражения SARS-CoV-2 в Дании.

Эволюция SARS-CoV-2 привела к появлению нескольких вызывающих озабоченность вариантов (VOC) с повышенной трансмиссивностью и уклончивостью от иммунитета, таких как Omicron, что привело к всплеску повторных инфекций SARS-CoV-2 и трудностям в смягчении последствий COVID-19. глобально. В исследованиях изучались частоты повторного заражения SARS-CoV-2, но они были ограничены данными анализа полимерной цепной реакции с обратной транскриптазой (RT-PCR), в которых линии SARS-CoV-2 Pango не указаны. Кроме того, отчет о геномном секвенировании обычно классифицируется как первичная инфекция или реинфекция, но данные секвенирования следующего поколения (NGS) для первоначальной инфекции и реинфекции редко сообщаются вместе для отдельного человека.

Исследование: увеличение числа случаев повторного заражения SARS-CoV-2 Omicron свидетельствует о неэффективности иммунитета после COVID-19 в Дании и свидетельствует о необходимости продолжения секвенирования следующего поколения . Кредит изображения: Noiel / Shutterstock

Об исследовании

В настоящем исследовании исследователи охарактеризовали повторные инфекции SARS-CoV-2 по вариантам на основе интеграции анализа RT-PCR и анализа последовательностей следующего генома (NGS) последовательностей, полученных от датских лиц, положительных на SARS-CoV-2, и GISAID ( глобальная инициатива по обмену данными о птичьем гриппе).

Были проанализированы данные NGS и клинические метаданные о первичных инфекциях SARS-CoV-2 и повторных инфекциях от одного и того же человека, проживающего в Дании. Всего в период с 1 марта 2020 г. по 28 августа 2022 г. было доступно 21 708 записей о повторных инфекциях с данными о датах сбора образцов о первичных инфекциях и повторных инфекциях SARS-CoV-2.

Команда задокументировала клинические метаданные SARS-CoV-2 как временные точки начальной и последующей инфекции SARS-CoV-2, чтобы измерить продолжительность между начальной и последующей инфекциями SARS-CoV-2. Кроме того, результаты анализа ОТ-ПЦР и результаты анализа NGS были доступны для первичных инфекций и реинфекций соответственно. 

Comvita, необработанный мед манука, Certified UMF 10+ (MGO 263+), 500 г (1,1 фунта)

Группа исключила 70 записей о случаях (< одного процента от общего числа случаев) (n = 70) с идентичными линиями Pango для первичных инфекций и повторных инфекций, поскольку такие записи могли отражать неразрешенные инфекции SARS-CoV-2, а не повторные инфекции. Кроме того, бета-, гамма- и «другие» (без универсально приемлемой номенклатуры Pango) данные ЛОС были исключены из-за низких уровней последовательности.

Случаи реинфекции были стратифицированы по вариантам и подвариантам. Доступ к базе данных GISAID был получен для двух файлов: один набор файлов, содержащий текущие метаданные для > 12 миллионов последовательностей SARS-CoV-2, и второй набор, содержащий отфильтрованные файлы метаданных только жителей Дании с двумя задокументированными ассоциированными инфекциями SARS-CoV-2.

Полученные результаты

Сообщалось, что первичное заражение и повторное заражение Омикроном (то есть инфекции Омикрон-Омикрон) происходили в течение более короткого периода времени (даже в течение трех недель, в среднем 22 недели), чем инфекции, не связанные с Омикроном-Омикроном. О повторных заражениях Omicron в течение десяти недель после первоначального заражения Omicron в основном сообщалось из-за BA.1, за которым последовала BA.2.

Частота повторного заражения была значительно выше при использовании Омикрона (25%, N=1875) после первичных заражений любыми ЛОС. Случаев реинфекции, вызванных альфа-ЛОС, не было зарегистрировано, тогда как дельта-ЛОС вызывала повторное инфицирование в 2,3% (n = 169) случаев. До Omicron оценки естественного иммунитета, вызванного инфекцией, превышали 90%, а через три-четыре месяца этот показатель упал ниже 10%.

Среди лиц с дельта-индуцированными первичными инфекциями повторные инфекции из-за дельта-варианта <1% (n=18), но повторные инфекции из-за омикрона составили 41% (n=3060 случаев). Кроме того, повторное заражение одними и теми же ЛОС, но разными подвариантами, составило всего 0,3% (n=24), за исключением Омикрона (4,6%, n=340). 93% лиц, повторно инфицированных с марта 2020 г., имели повторное инфицирование Omicron, что указывает на то, что первоначальная инфекция SARS-CoV-2 штаммом Wuhan-Hu-1, вариантом Alpha VOC или Delta VOC не могла обеспечить адекватную иммунную защиту от повторных инфекций, особенно для Omicron. повторные инфекции.

Повторное заражение Омикроном было зарегистрировано в 62% (n=211), 20% (n=68) и 30% (n=102) случаев, когда первичные инфекции SARS-CoV-2 были вызваны Омикроном BA.1, BA .2 и BA.5 соответственно. Лица с первичными инфекциями BA.2 продемонстрировали высокую частоту повторного заражения (38%, n = 129) подвариантом Omicron BA.5 (26%, n = 89). Полученные данные показали, что, хотя шиповидный белок SARS-CoV-2 (S) трех подвариантов Omicron аналогичен, различий в подвариантах Omicron было достаточно для предотвращения связывания nAb ( нейтрализующих антител ) , индуцированных инфекцией Omicron BA.1/2. с Омикрон BA.5 S.

Выводы

Результаты исследования показали, что большинство случаев повторного заражения SARS-CoV-2 произошло из-за Omicron. Повторное заражение Омикроном среди лиц с первичной инфекцией Омикроном произошло в течение короткого периода времени, менее трех недель. Полученные данные показали, что первичное инфицирование летучими органическими соединениями сторонних производителей было недостаточным для обеспечения иммунной защиты для предотвращения повторного заражения препаратом Омикрон.

Кроме того, результаты подчеркивают трансмиссивность и уклончивость Omicron от иммунитета, а также необходимость в обновленных вакцинах против SARS-CoV-2, продолжении эпиднадзора за SARS-CoV-2 и эволюционных оценках SARS-CoV-2 для руководства выработкой политики для улучшения общественного здравоохранения. по всему миру. Кроме того, анализ подчеркивает необходимость анализа данных NGS на индивидуальном уровне для получения точных оценок рисков повторного заражения SARS-CoV-2.

*Важное замечание

medRxiv публикует предварительные научные отчеты, которые не рецензируются экспертами и, следовательно, не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.