В недавнем исследовании, опубликованном на сервере препринтов medRxiv *, исследователи проанализировали последовательности вируса оспы обезьян (MPX) (MPXV) во время текущей вспышки 2022 года, чтобы выяснить, адаптируется ли MPXV для улучшения выживания и передачи вируса среди людей.

Фон

Продолжающаяся вспышка MPXV в 2022 г. представляет собой передачу MPXVA в неэндемичных районах за пределами западной и центральной частей Африки. MPXV был обнаружен в Великобритании (Соединенное Королевство) в мае 2022 года, после чего число случаев заболевания быстро увеличилось в Европе, Азии, Африке, Океании, а также в северной и южной частях Америки.

Впоследствии, 23 июля 2022 года, Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила MPX международной чрезвычайной ситуацией в области общественного здравоохранения, и на сегодняшний день MPXV затронул несколько стран. Сообщается, что большинство вирусных последовательностей, полученных в результате продолжающейся вспышки MPXV, представляют собой последовательности клады B.1 MPXV. Данные о естественной рекомбинации MPXV отсутствуют.

Об исследовании

В настоящем исследовании исследователи проанализировали 415 последовательностей MPXV клады B.1 из базы данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI) в период с 1 января по 20 июля 2022 года во всем мире путем изучения неравновесия по сцеплению [LD, анализ на основе однонуклеотидного варианта (SNV) ] и тандемные повторы (TR) с упором на изучение геномной изменчивости MPXV посредством рекомбинации для определения вероятного риска новых штаммов MPXV.

Рекомбинацию MPX оценивали путем анализа тандемных повторов (TR), а анализ LD выполняли для обнаружения новых линий MPXV и вирусной рекомбинации в геноме MPXV в продолжающейся вспышке 2022 года. Вирусные популяции были разделены на шесть групп на основе номеров TR (TRN) TRA/E. Затем был проведен анализ однонуклеотидного полиморфизма (SNP).

Полученные результаты

Результаты анализа показали, что текущая популяция MPXV вспышки 2022 г. разделилась на четыре и 11 линий и подгрупп, соответственно, и четыре линии на основе TR и CN (количество копий). Кроме того, результаты анализа LD показали, что MPXV развился в три новые линии. Команда идентифицировала шесть, один и один новый рекомбинантный MPXV из Словении, Италии и Австралии, соответственно, путем анализа TR и двух и одного рекомбинантного MPXV из Германии и Испании, соответственно, с помощью анализа LD.

California Gold Nutrition, Органическая спирулина, 500 мг, 720 таблеток

Было идентифицировано шесть TR с различным количеством копий, TR A/E имел идентичные последовательности из 16 пар оснований (bp) с инвертированными TR на обоих концах генома MPXV. В общей сложности 378 случаев (91%) и 14 случаев (3%) включали РНН 7,9 и 16 соответственно, полученные из Соединенных Штатов Америки (США), Чехии и Бельгии.

Один случай со значениями TRN шесть, четыре и три был обнаружен в Соединенном Королевстве (Великобритания). Команда выявила 21 случай несоответствия с разными значениями TRN между TR E и A. Полученные данные показали, что генетическое разнообразие можно классифицировать на основе полиморфизмов TR в популяциях текущей вспышки MPXV. Было обнаружено, что TR B, TR C, TR D и TR F являются прямыми повторами, расположенными в межгенных областях, или 3′-концевыми (инвертированными) TR. TR F и TR C включали три и одну копию последовательности 5′-TATGATGGA-3′ п.н. соответственно.

В то время как большинство вирусных последовательностей содержали TR F (97%, значение TRN 3,5), 51% и 48% образцов вируса содержали TR C со значениями TRN 10 и 8 соответственно. Основываясь на паттернах TR C / F, популяции MPXV можно разделить на четыре линии (M, U, I и неклассифицированные линии с 210, 193 и одним случаем соответственно).

Кроме того, в сочетании с TR A / E и TR C / F TRN группа разделила популяции MPXV на 11 вирусных подразделений. TR D содержал последовательность 5′-ATATCATT-3′ из девяти п.н. с различными CN и TRN в диапазоне от 2,0 до 55 соответственно. Интересно, что вирусные последовательности с более высокими значениями TR D TRN (TRN более 30) также содержали больше TR A/E TRN (20 случаев с TRN более 16) в группе U, что свидетельствует о большем разнообразии TR в линии U, чем у других MPXV. родословная.

С помощью полиморфизмов TR было идентифицировано восемь геномов MPXV с рекомбинантными вирусными кроссоверами. Случай ON755039 (FVG-ITA-01) из Италии мог происходить от родительских последовательностей групп M и I. Случай ON631963 (VIDRL01) в Австралии произошел от родительских вирусных последовательностей групп U и M, как и шесть случаев в Словении (ON631241, ON838178, ON754986, ON754985, ON609725 и ON754987). Результаты также показали, что шесть случаев из Словении могли дать начало новой линии.

Анализ LD показал пять пар SNP, расположенных по адресам G148421A/G34305A, G74357A/C22736T, C188379T/G186153A (восемь случаев), G189246A/G148421A и G189246A/G34305A, с высокими значениями LOD (логарифм шансов, более 10) и сильной ЛД. SNP G74357A/C22736T были обнаружены в 28 случаях MPX, включая 25 случаев, один случай, один случай и один случай в Германии, Австрии, Португалии и Великобритании соответственно.

Пары SNP C188379T/G186153A были обнаружены в восьми случаях в Германии. Четырнадцать случаев в Канаде включали SNP G148421A/G189246A/G34305A. Полученные данные указывали на эволюцию MPXV в ≥3 новых линий. Более того, для пар SNP G5592A/G78031A и C25641T/C70777T верхние пределы 95% доверительного интервала (ДИ) составляли 0,9 и 0,3 соответственно, что явно указывает на рекомбинацию MPXV. Результаты показали, что два случая в Германии (ON637939 и ON959149) и один случай в Испании (ON720849) уже получили мутации в результате рекомбинации.

Вывод

В целом результаты исследования показали, что TR часто расходятся во время естественной передачи в кладе B.1 и что геном MPXV быстро развивается и расширяется во время текущей вспышки 2022 года. Кроме того, в сочетании с геномным наблюдением анализы LD и TR являются ценными методами для мониторинга и отслеживания динамики передачи филогенетической рекомбинации MPXV.

*Важное замечание

medRxiv публикует предварительные научные отчеты, которые не рецензируются экспертами и, следовательно, не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.