В недавнем исследовании, опубликованном на сервере препринтов medRxiv * , группа исследователей изучила связь между Streptococcus pneumoniae и коронавирусом тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2) в верхних дыхательных путях при коронавирусной болезни 2019 (COVID-19) позитивные личности.

Фон

Streptococcus pneumoniae был связан с различными вирусами респираторных заболеваний, такими как вирус гриппа, респираторно-синцитиальный вирус и риновирусы человека в верхних дыхательных путях. Пневмококковые инфекции обычно наблюдаются после многих вирусных респираторных заболеваний.

Присутствие пневмококков было выявлено и на ранних стадиях вирусных инфекций. Эпидемиологические исследования и эксперименты на животных моделях указывают на повышенный риск гриппа и других респираторных вирусных инфекций, связанных с пневмококковым носительством.

Исследования в Великобритании выявили трехкратное увеличение вероятности присутствия пневмококка в слюне пациентов с COVID-19. Сопутствующие инфекции SARS-CoV-2 с инвазивной пневмококковой инфекцией (IPD) также были связаны с повышенной смертностью. Исследование, проведенное в Соединенных Штатах (США), также показало, что 13-валентная пневмококковая конъюгированная вакцина снижает тяжесть течения COVID-19. Однако взаимодействие между пневмококковым носительством и тяжестью инфекции SARS-CoV-2 требует дальнейшего изучения.

Об исследовании

В настоящем исследовании команда собрала образцы слюны в период с 16 июля по 30 ноября 2020 года у небеременных взрослых в округе Монтерей, штат Калифорния, в возрасте 18 лет и старше. Образцы были получены во время тестирования на SARS-CoV-2 в амбулаторных клиниках и мобильных центрах работы с населением.

Для определения пневмококкового носительства использовали количественную полимеразную цепную реакцию (КПЦР) основного гена аутолизина ( lytA ) и гена пермеазы транспортера pia ABC ( piaB ). Образцы считались положительными на пневмококки, если пороговые значения цикла были меньше 40 или 35 для более строгой классификации.

Транскрипционно-опосредованная амплификация (ТМА) мазков из ротоглотки использовалась для подтверждения инфекции SARS-CoV-2. Пороговые значения цикла из анализов кПЦР генов структурного белка оболочки (E) и нуклеокапсида (N) SARS-CoV-2 использовались для определения численности вируса.

Скорректированные отношения шансов были рассчитаны на основе таких факторов, как возраст, индекс массы тела, пол, поведение в отношении курения, место жительства, годовой доход домохозяйства и потенциально рискованное поведение, связанное с COVID-19, такое как контакт с пациентами с подтвержденным диагнозом COVID-19, отсутствие ношения одежды. маски и посещение больших собраний в закрытых помещениях. 

Полученные результаты

В результатах сообщалось о взаимодействии между инфекциями SARS-CoV-2 и пневмококковым носительством. У лиц с тяжелыми симптомами COVID-19 выявлена ​​более сильная ассоциация с пневмококковым носительством.

В исследование были включены 564 участника из амбулаторных клиник и 714 участников из мобильных центров помощи. Пневмококки были обнаружены у 9,2% участников в двух группах, а инфекции SARS-CoV-2 были обнаружены у 27,4% этих пневмококковых носителей. Для сравнения, только 9,6% неносителей были инфицированы SARS-CoV-2.

Уменьшение в каждом цикле порогового значения цикла для piaB увеличивало шансы заражения SARS-CoV-2, что свидетельствует о зависимой от плотности связи между присутствием пневмококка и риском COVID-19. Кроме того, у носителей пневмококка вероятность заражения инфекцией SARS-CoV-2 от контакта с симптоматическим человеком была в два раза выше, чем у неносителей пневмококка.

Имеющиеся данные свидетельствуют о том, что колонизация Streptococcus pneumoniae предшествовала заражению SARS-CoV-2 для большинства участников. Авторы представили два возможных объяснения находки. Воспаление носоглотки, вызванное ростом пневмококка, могло увеличить риск заражения SARS-CoV-2. С другой стороны, более высокая плотность пневмококков может быть результатом недавней инфекции SARS-CoV-2. 

Авторы обсудили некоторые ограничения исследования. Во-первых, поскольку участники в основном были сельскохозяйственными рабочими из малообеспеченных сообществ, результаты не могут быть распространены на остальную часть населения. Кроме того, не учитывались социальные взаимодействия и такие факторы, как совместное проживание или работа участников, и это могло повлиять на оценку воздействия.

Поскольку исследование проводилось в 2020 году, в него не вошли участники, инфицированные более новыми вариантами SARS-CoV-2. Кроме того, при наборе участников из амбулаторных и мобильных выездных клиник исключались участники, госпитализированные с тяжелыми проявлениями COVID-19. Поэтому связь между пневмококковым носительством и тяжелыми исходами COVID-19 комплексно не изучалась.

Выводы

Подводя итог, в исследовании изучались связи между колонизацией Streptococcus pneumoniae верхних дыхательных путей и инфекциями SARS-CoV-2 среди участников из Калифорнии, состоящих в основном из сельскохозяйственных рабочих.

Результаты показали положительную, зависящую от плотности связь между пневмококковым носительством и сопутствующими инфекциями SARS-CoV-2. Кроме того, у носителей пневмококка риск заражения инфекцией SARS-CoV-2 от контакта с пациентом с симптомами был в два раза выше, чем у людей без пневмококков в верхних дыхательных путях.

*Важное замечание

medRxiv публикует предварительные научные отчеты, которые не рецензируются экспертами и, следовательно, не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.