Исследователи из Университета Кейс Вестерн Резерв обнаружили широкую генетическую изменчивость вирусов SARS-CoV-2 среди 360 пациентов, чьи вирусные инфекции были генетически секвенированы, показывая, что все отдельные инфекции включают несколько вариантов вируса.

Исследователи отметили, что в сообщениях о вирусе обычно выделяется один доминирующий штамм, что приводит к занижению генетической изменчивости вируса и может иметь серьезные последствия для планирования и реагирования общественного здравоохранения.

Наша работа привлекает внимание к сложности инфекционных заболеваний, которые часто чрезмерно упрощаются при рассмотрении только наиболее распространенного вируса в инфекции, и мы демонстрируем важность изучения вариаций, которые исторически считались шумом. Мы видим, что генетические варианты, наблюдаемые с низкой частотой при инфекциях SARS-CoV-2, могут быть ранними индикаторами новых штаммов, ответственных за более поздние всплески передачи».

Эрнест (Рики) Чан, директор ядра биоинформатики Кливлендского института вычислительной биологии в Медицинской школе Кейс Вестерн Резерв.

Статья «Инфекция и передача COVID-19 включает разнообразие сложных последовательностей» будет опубликована 8 сентября 2022 года в журнале PLOS Genetics. {Запрещено на 9.8 в 14:00 по восточному времени.)

Команда CWRU провела полное секвенирование генома вирусов SARS-CoV-2 у 250 пациентов в северо-восточном Огайо и использовала аналогичные данные еще 110 пациентов с полными генетическими последовательностями инфекционных вирусов, предоставленными международными исследователями.

Эти данные были получены в первые дни пандемии COVID-19, когда альфа-вариант, а затем и дельта-вариант вызывали серьезную озабоченность. Эта работа показала, что мутации, обнаруженные в Omicron BA.1 и BA.2, уже присутствовали в виде относительно незначительных вариаций, по крайней мере, за год до того, как Omicron и его многочисленные итерации стали «вариантами, вызывающими озабоченность». Omicron и его собственные варианты сыграли ключевую роль в крупном возрождении COVID-19 прошлой зимой.

«Концентрация внимания на консенсусе большинства вариантов вируса в глобальном исследовательском сообществе отвлекает внимание от генетической изменчивости, которая может внести значительный вклад в продолжающуюся эволюцию пандемии COVID-19», — сказал Питер Циммерман, профессор кафедры патологии в Школе. Лекарственное средство. «Сосредоточение внимания на большинстве вариантов является важным первым шагом в разработке средств диагностики, терапии и вакцин, однако исследовательскому сообществу необходимо проводить количественную оценку и сообщать об изменениях, чтобы общественное здравоохранение и широкая общественность были лучше подготовлены и быстрее реагировали на изменения. постоянно развивающийся вирус».

Многое еще предстоит сделать для определения и отслеживания появления вирусных линий в ходе продолжающейся эволюции SARS-CoV-2 во всем мире. В интересах времени глобальные исследователи полагались на отслеживание и отчеты об относительно доминирующих вариациях. Но исследователи CWRU отметили, что, учитывая множественные вариации в пределах одной инфекции, важно сообщить о более полном представлении генетических последовательностей вируса, чтобы понять, как эти генетические изменения могут распространяться и потенциально взаимодействовать с различными категориями состояний пациентов, включая уклонение от усилия по искоренению.