В недавнем исследовании, опубликованном на сервере препринтов medRxiv *, исследователи изучили геном коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2) с помощью высокопроизводительного секвенирования генома, чтобы получить новое представление о том, как новый SARS-CoV-2 Omicron BA Вариант .2.3.7 проникает и распространяется среди наивного тайваньского населения.

Фон

Пандемия коронавирусной болезни 2019 года (COVID-19) возникла в Китае, скорее всего, из Уханя, в конце 2019 года. В ответ правительство Тайваня ввело строгие ограничения на поездки для прибывающих пассажиров морским и воздушным транспортом с длительными периодами карантина для тех, кому разрешен въезд. Тайвань. Кроме того, на Тайване было введено несколько немедикаментозных вмешательств (НФВ), таких как социальное дистанцирование и ношение масок. До апреля 2022 года на Тайване было зарегистрировано лишь несколько случаев заболевания COVID-19; однако к июню 2022 года число случаев заболевания COVID-19 в стране значительно увеличилось.

Об исследовании

В настоящем исследовании исследователи провели геномный надзор, чтобы оценить распространенность и распространение Omicron BA.2.3.7 среди жителей Тайваня, проживающих в общинах.

Команда проанализировала 2405 образцов мазков из носоглотки , подтвержденных полимеразной цепной реакцией (ПЦР), у 2339 человек. Образцы крови были получены от пациентов с коронавирусной болезнью 2019 (COVID-19), зарегистрированных в NTU-HCH (филиал Синьчжу государственной тайваньской университетской больницы), и была извлечена рибонуклеиновая кислота (РНК) SARS-CoV-2, амплифицированная с помощью ПЦР с обратной транскрипцией ( ОТ-ПЦР) и подвергали анализу полногеномного секвенирования (WGS).

Для филогенетического анализа было использовано 2847 последовательностей, в том числе 1966 из NTU-HCH и 881 эталонная последовательность (GISAID) для построения структуры филогенетического дерева. Впоследствии 1584 последовательности BA.2.3.7, отправленные в GISAID из текущего исследования, а также 228 последовательностей BA.2.3.7, депонированных в GISAID другими группами, были проанализированы партиями. Были оценены появление новых вариантов Omicron на Тайване и эволюция генома во время быстрого расширения пула Omicron в период с 22 февраля по 6 июня 2022 года.

Profoot, Goodnight Bunion, регулятор Bunion, 1 пара

Чтобы исследовать передачу глобального варианта, 249 BA.2.3.7, 282 глобальных и 403 дополнительных последовательности от жителей Тайваня были извлечены из базы данных GISAID (глобальная инициатива по обмену всеми данными о гриппе) до июля 2022 г. В качестве пилотного исследования 293 были проанализированы образцы от 228 пациентов, и большинство образцов было получено в 2021 году из трех больниц на севере Тайваня. Последовательности были собраны и исследованы на наличие значительно измененных аминокислот для определения характерных мутаций в образцах, инфицированных Омикроном.

Полученные результаты

BA.2.3.7 был обнаружен как основной возбудитель вспышки SARS-CoV-2 2022 года среди тайваньских общин. Полноразмерные последовательности Omicron 1966 года были загружены в базу данных GISAID, что позволило идентифицировать три сигнатурные мутации BA.2.3.7, то есть L631F, K97E и M322I, обнаруженные в открытой рамке считывания 1a (ORF1a), белке шипа (S). и белок нуклеокапсида (N), соответственно, в пределах неструктурного белка 2 (nsp2), S-субъединицы 1 (S1), N-концевого домена (NTD) и в положении аминокислоты 322, соответственно, среди 81% (n = 1584) последовательностей Омикрон.

Изменения сигнатуры произошли после четвертой секвенированной партии, что указывает на быстрый всплеск случаев COVID-19 из-за появления штамма BA.2.3.7 с сотен до тысяч в течение периода исследования среди тайваньских (особенно на севере Тайваня) сообществ. Доля последовательностей, содержащих изменения сигнатуры, увеличилась с 62 % до 85 % от четвертой партии к пятой. К июню 2022 года штамм установил значительное доминирование среди последовательностей SARS-CoV-2.

Кроме того, новые мутации (ORF1a:I1091T и G1251V) были обнаружены в BA.2.3.7 со значительным увеличением с течением времени, быстро увеличивая количество инфекций BA.2.3.7 на Тайване, зарегистрированных в четырех местах на Тайване, что свидетельствует о BA. .2.3.7 как возбудитель вспышек SARS-CoV-2 среди жителей Тайваня.

Большинству экспериментальных образцов, полученных в 2021 году, был присвоен вариант «Альфа». Заметное увеличение количества инфекций Omicron BA.2.3.7 наблюдалось с 4-й недели и далее, а процент вариантов BA.2.3.7 был постоянно высоким в течение ≥10 недель. Количество S:G1251V-позитивных последовательностей неуклонно возрастало, начиная с 6-й недели, и стабилизировалось на десятой неделе (между 26 апреля 262 и маем). В период между 11 и 15 неделями доля ORF1a:T3224A уменьшалась, тогда как пропорция ORF1a:I1091T одновременно увеличивалась.

В тот же период Omicron BA.2.3.7 был также обнаружен в других странах Азиатско-Тихоокеанского региона, таких как Гонконг, Сингапур, Индонезия, Япония, Вьетнам, Филиппины, Таиланд, Малайзия и Новая Зеландия. Среди 44 случаев BA.2.3.7, выявленных в Японии, 41 и два человека совершали поездки на Тайвань и во Вьетнам, соответственно, что свидетельствует о скрытой внешней передаче BA.2.3.7 из Тайваня. Напротив, BA.2.3.7 образует <0,5% последовательностей, зарегистрированных в Соединенных Штатах Америки (США), Калифорнии или во всем мире.

Вывод

В целом результаты исследования выявили появление, быстрое распространение и устойчивость BA.2.3.7 как причинного варианта вспышек среди населения на Тайване. Полученные данные могут значительно повлиять на социально-экономическую сферу и сферу общественного здравоохранения. Следует отметить, что вспышка варианта Alpha 2021 года была относительно небольшой и ограничивалась кластерной инфекцией в городе Нью-Тайбэй, тогда как вспышка Omicron BA.2.3.7 в период с апреля по июнь 2022 года превысила 50 000 случаев в день на пиковом уровне.

*Важное замечание

medRxiv публикует предварительные научные отчеты, которые не рецензируются экспертами и, следовательно, не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.