В недавнем исследовании, опубликованном на сервере препринтов medRxiv* , исследователи изучили методы сбора образцов, эпидемиологические характеристики и пороговые значения цикла (Ct) для тестов полимеразной цепной реакции (ПЦР), используемых в двух справочных лабораториях в Соединенных Штатах (США) для выявления вирус оспы обезьян (MPXV).

Исследование: клиническая эффективность и тенденции в течение первых двух месяцев ПЦР-тестирования вируса оспы обезьян в двух справочных лабораториях США . Изображение предоставлено: Салов Евгений / Shutterstock

Фон

Недавняя вспышка оспы обезьян в неэндемичных странах, таких как США, привела к увеличению числа диагностических ПЦР-тестов на MPXV. Оспа обезьян вызывается вирусом рода Orthopoxvirus , похожим на вызывающий оспу вирус натуральной оспы. С почти полной ликвидацией оспы большинство стран прекратили вакцинацию против оспы, оставив пробелы в иммунитете.

Существенное снижение распространения ортопоксвирусов также привело к тому, что клиницисты были незнакомы с ортопоксвирусными инфекциями и с меньшим количеством диагностических тестов. До вспышки 2022 года тестирование MPXV проводилось только в лабораториях, одобренных Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), или Центрами по контролю и профилактике заболеваний (CDC). В период с июня по июль 2022 года лабораторно разработанные и одобренные FDA тесты на оспу обезьян были распространены на клинические лаборатории.

В то время как клинические и референс-лаборатории могут обрабатывать значительно большее количество случаев, чем государственные медицинские учреждения, и сообщать результаты качественных тестов в CDC и департаменты здравоохранения штатов, такие данные, как значения Ct и результаты тестов, не сообщаются регулярно. Мониторинг этих данных может помочь выявить новые варианты и улучшить методы тестирования.

Об исследовании

В настоящем исследовании изучались данные ПЦР-тестирования MPXV из двух эталонных лабораторий в США — Лаборатории вирусологии Вашингтонского университета (UW) в Сиэтле, штат Вашингтон, и Лабораторий ARUP (ARUP) в Солт-Лейк-Сити, штат Юта. Изученные данные включали информацию о более чем 10 000 образцов, собранных в период с июля по август 2022 года.

California Gold Nutrition, Immune 4, средство для укрепления иммунитета, 60 вегетарианских капсул

В двух лабораториях сравнивались описательные эпидемиологические факторы, такие как распределение по возрасту и полу при ПЦР-тестировании MPXV. Кроме того, исследователи изучили средние значения Ct в обеих лабораториях, чтобы сравнить вирусные нагрузки, обнаруженные в тестах ПЦР. Наконец, соответствие результатов теста сравнивали, используя процент пациентов, сдавших несколько мазков.

Полученные результаты

Результаты сообщили об увеличении количества тестов среди мужчин в возрасте от 18 до 40 лет, которые, как считается, подвержены большему риску оспы обезьян. Авторы заметили, что процент положительных результатов снижался с увеличением количества представленных образцов. Они также обнаружили более значительное количество положительных результатов тестов среди мужчин, чем среди женщин, что согласуется с результатами других исследований, в которых сообщается о более высокой частоте случаев заражения обезьяньей оспой среди мужчин, имеющих половые контакты с мужчинами.

Значения Ct между двумя эталонными лабораториями были сопоставимы, при этом лабораторные тесты ARUP выявили несколько более высокую вирусную нагрузку . Однако методы сбора и извлечения существенно различались. Экстрактор нуклеиновых кислот Chemagic , используемый ARUP, имеет более высокую аналитическую чувствительность, чем протокол вирусной инактивации и лизиса, используемый в UW. Авторы считают, что разница в процедурах обработки и извлечения образцов может объяснить различия в вирусных нагрузках в двух лабораториях.

Сбор нескольких мазков у одного и того же человека привел к общей согласованности тестов более чем на 95%. Очень низкий процент (менее 1,5%) нуждался в трех или более тестах для положительного результата, а их значения Ct были значительно высокими, что указывало на низкую вирусную нагрузку. Сухие мазки, взвешенные в фосфатно-солевом буфере, показали более высокую вирусную нагрузку, чем мазки в транспортной среде для вирусов (VTM), что авторы связывают с разбавлением вирусной нагрузки в VTM.

По мнению авторов, хотя противоречивые положительные результаты могут быть связаны с низкой вирусной нагрузкой, нельзя исключать перекрестное заражение как причину. CDC недавно выпустил предупреждение о риске ложноположительных результатов и призвал лаборатории проверить два образца на результаты со значениями Ct выше 34.

Выводы

В целом, исследование показало, что мониторинг других факторов тестирования MPXV PCR, помимо результатов качественных тестов, в клинических и референс-лабораториях чрезвычайно полезен для понимания различий и улучшения процессов диагностических тестов.

Авторы сообщают, что, хотя несколько мазков от одного человека действительно улучшают общую согласованность тестов, значительная часть средств и ресурсов ПЦР-тестирования используется для одного человека, что неэффективно с точки зрения ресурсов и времени. Поэтому вместо этого они предлагают метод объединения нескольких мазков от одного человека в VTM для повышения диагностической эффективности при одновременном снижении общих затрат.

*Важное замечание

medRxiv публикует предварительные научные отчеты, которые не рецензируются экспертами и, следовательно, не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.