В недавнем исследовании, размещенном на сервере препринтов medRxiv *, исследователи определили распространенность циркулирующих вариантов коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2) и частоту одновременного возникновения коронавирусной болезни 2019 (COVID-19) и малярии. в Буркина-Фасо, Западная Африка.

Фон

Сообщается, что передача SARS-CoV-2 в Африке имеет более низкую заболеваемость, включая в основном бессимптомные случаи, и более низкий уровень связанной с этим смертности по сравнению с развитыми странами. Более низкая заболеваемость может быть объяснена большей долей молодежи и социально-экологической изменчивостью (т. е. малочисленностью населения, теплой погодой и натренированными иммунными реакциями на инфекционные заболевания) и быстрым соблюдением мер здравоохранения, таких как правительственные ограничения.

Исследования задокументировали, что пандемия COVID-19 затронула некоторые страны (например, Тунис, Марокко и Южную Африку) более заметно, что свидетельствует о распространении SARS-CoV-2 в конкретных регионах; тем не менее, результаты могут быть связаны с низкими и несоразмерными уровнями диагностического тестирования и мер наблюдения.

Кроме того, малярия эндемична для Африки, число случаев которой увеличилось во время начальной волны COVID-19, что могло быть связано со сбоями в кампаниях по борьбе с малярией, а также с отсутствием возможностей диагностики и тестирования во время начальной волны пандемии.

Об исследовании

В настоящем популяционном исследовании исследователи оценили частоту коинфекций COVID-19 и малярии в стране Буркина-Фасо в Западной Африке.

Исследование проводилось на 998 бессимптомных добровольцах, проживающих в разных сельских или городских районах в 11 деревнях южных регионов Буркина-Фасо в период с 22 августа по 19 ноября 2020 года. У участников были взяты образцы крови, которые были подвергнуты микроскопическому исследованию на наличие малярийного паразита Plasmodium . falciparum (на бесполой стадии и стадии гаметоцитов), а также экспресс-тесты для выявления SARS-CoV-2, основанные на наличии сывороточных иммуноглобулинов G (IgG), антител A и M против нуклеокапсидного (N) белка SARS-CoV-2.

Серораспространенность SARS-CoV-2 оценивалась как доля участников с N-антителами против SARS-CoV-2. Кроме того, у участников исследования были получены образцы мазков из носоглотки для количественного анализа полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (RT-qPCR) и были получены значения порога цикла (Ct). Далее, рибонуклеиновая кислота (РНК) SARS-CoV-2 была выделена из образцов серопозитивных лиц со значениями Ct ≤35 (n=19) и подвергнута анализу полногеномного секвенирования (WGS), после чего были созданы геномные библиотеки.

NutriBiotic, Immunity, аскорбат натрия, кристаллический порошок, 227 г (8 унций)

Последовательности также были проанализированы с помощью сравнительного геномного и филогенетического анализов, а классификация PANGOLIN (филогенетическое присвоение названных линий глобальных вспышек) использовалась для идентификации линий и кладов SARS-CoV-2. Демографические и клинические данные, полученные от участников, включали пол, температуру тела и возраст.

Полученные результаты

Большинство участников (55%, n = 549) были женщинами, и люди были стратифицированы по возрасту на следующие возрастные группы: от 5 до 12 лет, от 13 до 20 лет, от 21 года до 40 лет и старше 40 лет. Анализ показал серопревалентность SARS-CoV-2 3,2% (n = 32), 2,5% положительных результатов RT-qPCR SARS-CoV-2 и 22% заболеваемость малярией (n = 219), при этом большинство случаев коинфекции выявлено среди детей в возрасте <12 лет (42%) без существенных различий по признаку пола.

Самая высокая серопозитивность к SARS-CoV-2 (пять процентов) была зарегистрирована в городе Бобо-Диуласо в городских районах Западной Африки и была значительно выше среди лиц в возрасте старше 40 лет (семь процентов), за которыми следуют лица в возрасте от 13 до 20 лет. (три процента), от пяти до 12 лет (два процента) и от 21 года до 40 лет (один процент). Значительно более высокие показатели заболеваемости инфекцией SARS-CoV-2 (шесть процентов) наблюдались в ноябре 2020 года; тем не менее, не наблюдалось существенных различий по признаку пола в серопревалентности SARS-CoV-2 и положительных результатах ПЦР.

Анализ WGS показал, что в Буркина-Фасо в течение исследуемого периода циркулировали 13 штаммов SARS-CoV-2, относящихся к линиям A.19, A.21, B.1, B.1.1.118 и B.1.1.404, сгруппированным в клады 19B, 20A и 20B. Циркулирующие линии, обнаруженные в Буркина-Фасо во время первой волны пандемии, были ранними кладами, происходящими от штамма Ухань. Большинство зарегистрированных линий были ранее описаны в Буркина-Фасо или соседних странах. Однако мы также выявили две менее частые линии (B.1.1.118 и B.1), которые, вероятно, были завезены в Буркина-Фасо из США или Европы.

Из серопозитивных/RT-qPCR-положительных образцов (n=7) ни в одном не было выявлено коинфекции малярии, тогда как малярия и COVID-19 встречались одновременно в двух (из 17) серонегативных/RT-qPCR-положительных образцах. положительные экземпляры. Из оставшихся серопозитивных/ОТ-КПЦР-отрицательных лиц (n=25) у восьми была обнаружена коинфекция малярией. Таким образом, было выявлено два и восемь случаев подтвержденных и подозреваемых коинфекций, соответственно, восемь из которых были в возрасте до 14 лет и два — в возрасте старше 40 лет. Только один (из двух) RT-qPCR-положительный коинфицированный образец был секвенирован и ему была присвоена линия A.21.

Большинство возрастных групп, наиболее пораженных этими двумя заболеваниями, не пересекались; однако среди молодежи наблюдалось десять случаев коинфекции. Серологические тесты измеряли общие титры антител (IgG, A и M) против SARS-CoV-2, что затрудняло разграничение серопозитивных предыдущих случаев инфекции от текущих инфекций SARS-CoV-2 и, следовательно, свидетельствовали ли данные о повторной инфекции. инфекция или коинфекция не могут быть четко определены.

Подобно наблюдаемым временным тенденциям COVID-19, случаи малярии значительно увеличились с 5 процентов в начале исследования до 29 процентов к концу периода исследования, что свидетельствует о потенциальном влиянии пандемии COVID-19 на борьбу с инфекцией малярии.

Вывод

Результаты исследования показали низкую частоту сопутствующих инфекций COVID-19 и малярии (1%) в Буркина-Фасо. Авторы считают, что настоящее исследование является первым в своем роде и предоставляет данные для оценки истинной распространенности и циркулирующих вариантов инфекций SARS-CoV-2 в странах Африки к югу от Сахары.

*Важное замечание

medRxiv публикует предварительные научные отчеты, которые не рецензируются экспертами и, следовательно, не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.